Costruito agli inizi del XVI secolo per ordine reale, oggi questo chiostro si è trasformato in patio interno dell’Ospedale Civile di San Francisco. Fece parte del convento fino al 1835, quando perse la sua funzione dovuto all’entrata in vigore delle Leggi di Alienazione. Nel Chiostro vennero date lezioni di filosofia e da sempre è stato associato alla Settimana Santa lojeña insieme alla Cappella della Vera Cruz. Prima era conosciuta come la Cappella del Sangue di Cristo e da 1768 si stabilirono le Associazioni di Jesús Preso e di Nostra Signora dei Dolori.