Il Museo si trova nella Casa de los Pisa. La casa venne costruita dopo la riconquista della città ed è passata alla storia perche i suio proprietari, i Pisa, accolsero e guarirono dalla sua malattia San Juan de Dios. Nel 1550 il Santo morì in una delle stanze. Nel XIX secolo l’Ordine religioso Hospitalaria de San Juan de Dios acquisì l’edificio.
La casa de los Pisa è stata destinata a Museo e Centro di Documentazione dell’Ordine e ne possiede un ricco patrimonio di più di quattrocento anni di storia.