Templo gótico-renacentista de principios del siglo XVI. Fue construido bajo la dirección de Diego de Siloé. Destacan la portada isabelina de la Sacristía Vieja y la portada principal renacentista. En el interior son reseñables la bóveda gótica, la bóveda plateresca y el coro barroco.
En el año 2009, el Papa Benedicto XVI, nombró a la Iglesia de Santa María la Mayor de Huéscar Templo Jubilar Perpetuo, al igual que la Basílica Papal de Santa María La Mayor de Roma. Se convierte así en el primer templo de la Diócesis de Guadix con afiliación a una basilica Pontificia. Así todas aquellas personas que peregrinen a la Iglesia Mayor de Santa María de La Encarnación alcanzarán la Indulgencia Plenaria.
