Preciosa joya construida entre los siglos XVI y XVIII en la que se fusionan los estilos renacentista puro y barroco. Fue edificada sobre la mezquita almohade y la antigua catedral gótica.
Es obra de Diego de Siloé, Gaspar Cayón y Vicente Acero. Está consagrada a la Encarnación del Virgen y su altar mayor está decorado con interesantes cuadros de la Virgen. Cuenta con un espectacular coro barroco tallado por Ruiz del Peral y con majestuosas columnas corintias y jónicas.
Tiene tres fachadas dedicadas a la Anunciación, San Torcuato, patrón de Guadix, y Santiago Apóstol. Se estructura en 3 naves con ábside y girola.
Alberga el Museo Catedralicio, donde se pueden contemplar piezas y objetos artísticos muy interesantes además de libros diversos de los siglos XV al XVIII. Junto a la catedral, está anexa la parroquia o Iglesia Sagrario, de fachada construida en estilo plateresco.