Comenzó a construirse a principios del siglo XI delimitando una de las fronteras de los reinos de taifas. La fortaleza recibe su nombre debido al número de torres existentes en su origen. Hacia 1325 la alcazaba fue reforzada con la gran Torre del Homenaje.
Después de 1492 se convirtió en residencia del gobernador, por lo que la Torre del Homenaje se reforzó, añadiendo argamasa con sillería y creando dos nuevas plantas. Además, toda la alcazaba fue rematada con almenas. Un terremoto, en septiembre de 1531, derrumbó el lienzo oriental con su torre inmediata.
A lo largo de su historia, la construcción ha sido usada como vivienda, pajar, cuadra, granero y fábrica, lo que probablemente la libró de su demolición. En 1973 fue declarada Monumento Histórico Artístico Nacional, lo que permitió acometer, poco después, obras para su definitiva restauración.
La Alcazaba formaba parte del circuito defensivo de las altiplanicies granadinas y se supone que está conectada por túneles subterráneos con la Atalaya de la Umbría y la Atalaya del Salar
Alberga hoy día una sala de exposiciones.
