Der Innenhof entstand als Resultat der Reformen, die der Kaiser und die Kaiserin bei ihrem Aufenthalt in Granada während ihrere Hochzeitsreise vornehmen ließen. Der Patio beherbergt einen zentralen Brunnen, sechs um ihn herum angeordnete Säle und den Aussichtspunkt Mirador de Lindaraja. Außerdem gelangt man von hier zum Turm Yusufs I., bekannt als Peinador de la Reina, die einstigen Gemächer der Königin (Reina) Isabel, in denen sich interessante Wandmalereien befinden.